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Vers une identification génétique des variétés


Le Forum des Tomates. Débattre sur les variétés anciennes de tomates et les moins anciennes .......

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Message Lun 1 Fév 2016 11:48

Vers une identification génétique des variétés

J'ai commencé à recenser les différentes variétés de tomates il y a quelques années, et j'en suis déjà à un peu plus de 1700 fiches.
Il semble que nous allions hardiment vers les 20000 variétés de tomates fixées, ou en cours de fixation, plus un gros paquets d'hybrides F1 et de variétés commerciales.
D'un côté c'est super cette variété. On ne dira pas : "un jour l'ennui naquit de l'uniformité" !
Les hybrideurs fous se déchaînent un peu partout dans le monde, et tout un chacun peut apporter sa petite contribution, créer une nouvelle variété, ou faire reconnaître celle qui pousse depuis x générations dans la famille.
D'un autre côté ça donne un peu le vertige, et toute cette liberté risque de nous conduire à l'anarchie :evil:

Il est difficile de déterminer, à l'heure actuelle, si telle ou telle semence donnera des fruits conformes. Et conformes à quoi, à quelle description ?
Niveau conformité, nos échanges de graines présentent quelques risques. je ne suis pas le dernier ni le seul à mélanger par erreur quelques semences, ou être victime inconsciente d'une hybridation, voire d'une mutation non désirée.
On se retrouve ainsi avec des tomates connues sous plusieurs noms, et à l'inverse une seule dénomination pour des tomates bien différentes.
Les professionnels ne sont guère plus rigoureux.
A ce propos je connais un producteur de tomates près de chez moi qui achète ses graines chez des semenciers pro et qui m'a montré dans ses serres, que sur 50 plants, il y en a presque toujours un qui produit des tomates atypiques. Par exemple au milieu de dizaines de plants de noire de Crimée, un plant qui produisait des petites tomates taille cocktail et couleur chocolat.
Lui ça l'agace un peu, et moi je lui demande quelques fruits atypiques pour les goûter et conserver les graines :siffle-4487: :mrgreen:

J'ai constaté que ça préoccupe Ambiorix, puisqu'il nous met en garde contre les hybridations sauvages (avec les bleues) et souhaite mettre en place des protocoles pour tenter une description détaillée de chaque variété, à toutes les étapes de la culture.
C'est une excellente initiative, à laquelle j’adhère et je participe, mais c'est un vrai travail de fourmi !

Alors je rêve un peu peut-être, mais j'imagine que la solution ultime, ce serait de définir la carte génétique de chaque variété, F1 commerciales y compris.
La carte génétique serait établie à partir d'un panel de chaque variété, considéré comme parfaitement conforme (on est déjà dans l'empirique là), donc une moyenne puisque 2 tomates n'ont jamais exactement le même patrimoine génétique (hors F1).
La carte d'identité un fois établie, ne seraient considérées comme conformes que les tomates dont les différences génétiques ne différeraient pas de plus de 5% en globalité (par exemple).

Je pense que nous disposons des techniques pour réaliser cela à l'heure actuelle.
Cependant le coût en est encore probablement prohibitif.
D'autre part, pour lancer une cartographie exhaustive du végétal (pas seulement de la tomate), il faudrait sans doute une volonté politique au niveau mondial. Un organisme financé et indépendant.

Peut-être que ça existe déjà et que je ne suis pas au courant :lol:
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Message Lun 1 Fév 2016 12:31

Re: Vers une identification génétique des variétés

On pourrait aussi établir la carte génétique à partir de l'ADN des tomates... là, il n'y aurait aucune ambiguïté ! ça existe mais ce n'est pas à la portée de l'amateur, fut-il éclairé, car il faut passer par un laboratoire.

La simple observation des fruits est évidemment totalement empirique et complètement sujette à caution. Même en utilisant un protocole contraignant, je ne pense pas qu'on puisse faire des analyses rigoureuses par photos interposées !!!

Sinon, si tu as fait 1.700 fiches, tu pourrais peut-être en faire profiter les copains... :ret

Il y a une section fiches sur le forum, qui n'attend plus que des contributeurs... :dent

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Message Lun 1 Fév 2016 13:42

Re: Vers une identification génétique des variétés

Craonne a écrit:On pourrait aussi établir la carte génétique à partir de l'ADN des tomates... là, il n'y aurait aucune ambiguïté !

Oui, c'était l'idée ! Mais il n'existe pas encore, à ma connaissance, de base de référence mondiale.
Sinon oui, tiens, la grosse tomate rouge du grand-père, envoi de quelques graines au labo, et hop on saurait ce que c'est.
Et si c'est pas connu, à tout le moins une idée des ancêtres probables, à partir de comparaison avec les ADN présentant le plus de similitudes.

Craonne a écrit:Sinon, si tu as fait 1.700 fiches, tu pourrais peut-être en faire profiter les copains... :ret
Il y a une section fiches sur le forum, qui n'attend plus que des contributeurs... :dent
Et des admins et facilos tous prêts à te donner un coup de main !


Il ne s'agit pas de 1700 variétés que j'ai cultivées moi-même.
Ce que je vais faire c'est comparer celles que j'ai cultivées et prises en photo, avec les fiches existantes sur le forum, et proposer des fiches pour les variétés non encore répertoriées.
En attendant, j'avais proposé mon petit logiciel à qui n'en veux. Et il est accompagné de la base de données.
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Message Lun 1 Fév 2016 17:19

Re: Vers une identification génétique des variétés

Je ne sais pas si ça existe pour les tomates ( sûrement car les créateurs pro de variétés doivent utiliser ce genre de chose... ) en tout cas, ça existe pour les pommes de terre !!!

Pour les fiches, c'est quand tu veux :wink:
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Message Mar 2 Fév 2016 21:09

Re: Vers une identification génétique des variétés

Intéressante l'idée de la carte génétique des différentes variétés, mais qui décidera de la tomate ou les tomates "référence(s)" d'une variété à analyser pour en faire la tomate type de cette variété ?
Pas si simple à mes yeux.
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Message Mer 3 Fév 2016 10:12

Re: Vers une identification génétique des variétés

J'avance assez bien dans mon système de classements des tomate conformes et non conformes.
Pour établir mon système,j'ai besoin de beaucoup de testeurs de mes graines et d'autres graines aussi que chacun possède.
J'ai besoin encore de toute l'année 2016 pour étudier tous les résultats que tous mes testeurs vont me fournir pour établir un système fiable.

Soyons TOUS optimistes et nous aurons peut-être des résultats inattendus.

Ne comptons surtout pas sur une carte génétique des tomates qu'aucun de nous ne pourrait construire car pas à la portée de nos bourses.

Et essayons d'avoir un système à notre portée.

Et apprenons d'abord à OBSERVER NOS PLANTS depuis la germination jusqu'à la récolte et la dégustation.
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Message Mer 3 Fév 2016 10:25

Re: Vers une identification génétique des variétés

Le tout est de savoir conforme et non conforme à quoi. C'était le sens du commentaire de Stéphanedu80, je pense.

L'observation n'est, certes, pas forcément suffisante pour des résultats irréfutables et scientifiques, mais pour les amateurs, il n'y a pas trop le choix de toute façon. L'observation a été l'une des seules " techniques " de sélection des paysans pendant des siècles, et ils ne s'en sont pas si mal sortis !

On ne peut pas avoir le beurre et l'argent du beurre, Kokopelli, Tom Wagner et le Gnis, d'autant qu'aucun d'entre eux n'a les compétences scientifiques indispensables pour effectuer ce travail ! Ceux qui les ont, avec les moyens financiers, n'oeuvrent pas pour le bien de l'humanité, on le sait !

Et puis, la nature réserve des tas de surprises, c'est comme ça qu'elle a réussi à survivre malgré l'être humain !!!
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Message Mer 3 Fév 2016 10:37

Re: Vers une identification génétique des variétés

A mon humble idée :mrgreen: .... la carte génétique est dans l'idéal une bonne idée , mais irréalisable à notre échelle.
Il est vrai qu'à nom différent ne veut pas dire variété différente , la régionalisation est passée par là et chaque lieu peut donner des noms différents à une m^me espèce.
La collectionnite qui nous anime tous fait aussi pas mal de dégat à cette identification , en cause de l'hybridation sauvage.
Il faudrait d'ailleurs ne garder les graines que de quelques variétés reproduit en groupe dans un lieu différent de la présentation de la collection proprement dite .
Je n'avais pas compris cela voilà quelques années quand chez Kokopelli , les graines que l'on donnait étaient distribuées gracieusement et non vendu.
Seul les graines faites par des professionnels sont mises en vente ...... la raison est le risque d'hybridation sauvage non maitrisée ( surtout pour les crucifères :roll: )

Pour revenir à la reconnaissance de la variété , il faudrait un standard de description commun à tous .
Je m'explique :wink: .....
Ayant pour centre d'intérêt aussi la photo argentique , les collectionneurs d'appareils sont souvent confrontés à des appareils rebadgés par des marques autres que le fabricant proprement dit .Sur le site reconnu de "Sylvain Halang" Une fiche technique commune à tous les types d'appareils est remplie.
La photo de l'appareil est de même prise sous des angles communs à tous .

Donc si nous mettions ça au niveau de nos légumes ( piments , tomates ....) les fiches sont déjà TRES bien faites , avec un systeme de critères ( couleur , forme feuillage ... etc ) .
Il faudrait seulement compléter par un m^me protocole au niveau des angles de vues , et surtout au niveau des coupes longitudinales et transversales .
Cela permettrait un autre point de comparaison grâce à la disposition des graines.
Chacun d'entres nous pourrait à son niveau se faire une base de données de ses variétés , base que nous pourrions comparer avec le site afin de savoir si , la tomate, le piment " **" est bien celui que l'on prétend .

Voilà une idée parmi d'autres .... pas taper :ban :Paix :wink:
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Message Mer 3 Fév 2016 11:31

Re: Vers une identification génétique des variétés

Une tomate conforme d'abord c'est une tomate qui ressemble à la tomate créée par le créateur.

Je vais étudier cette année une tomate créée par Tom Wagner :lTiger Pillar.

La tomate de Tom a la peau verte tigrée jaune et la chair verte verte.

La moindre des choses c'est que la tomate portant ce nom aie au minimum ces deux caractéristiques.

En 2013, j'ai eu des graines de Groumpy que j'ai semé en 2013 qui m'a donné des tomates conformes.

En 2014,j'ai semé quelques graines provenant de mes graines.

J'ai obtenu deux plants avec ces tomates conformes de nouveau.

Un de mes testeurs à obtenu en 2015:

1) des tomates vertes conformes sur un plant
2) des tomates vertes avec une tache bleu et la chair verte de meilleur goût que le numéro 1
3) des tomates jaunes et bleues avec la chair jaune

Comment appeler ces tomates ?

Des Tiger Pillar NON :ne sont pas conformes

Et de plus à la foire des tomates de Bruxelles 2015,j'ai découvert une tomate s'appelant "Tiger Pillar" à peau rouge tigrée jaune et à chair rouge.

Chaque échangeur donne le nom de la tomate "mère" aux tomates "filles" et chacun est certain d'avoir la bonne "Tiger pillar".

C'est plus possible une histoire comme cela.

J'ai les graines de toutes ces "Pillar Tiger" que je vais étudier en 2016.

Il me manque juste l'origine de la "Tiger Pillar" vue à Bruxelles 2015.

Les graines de cette "tiger pillar rouge " ont été prises sur une tomate sur un stand d'Haverskerque en 2013.

Est ce que quelqu'un de Tomodori a exposé ou donné une tomate portant ce nom pour être exposée à Haverskerque ?

50 % de chance que cela vienne de Tomodori car c'était un grand stand.

Qui peut me renseigner?

Cette histoire montre qu'il est utile d'essayer de trouver un moyen d'identification simple sinon ce sera bientôt un véritable casse tête lorsque vous recevrez des graines d'une tomate dont les fleurs n'ont pas été protégées.

Surtout que le péril bleu va déclencher un véritable tsunami dans la dénomination dans nos tomates.

Imagez surtout qu'une tomate OGM peut transmettre des gènes OGM à une tomate ancienne parce que le vendeur,l'échangeur de graines est négligeant et laisse ses fleurs de tomates se féconder par n'importe quel pollen.

Il faut imaginer cela parce qu'il y a de plus en plus des arnaqueurs qui ne pensent qu'à se faire du fric en vendant des graines dont ils ne contrôlent pas leurs amours.

Vous aurez en fin d'année 2016 les résultats de cette étude et de bien d'autres tests qui montreront que j'ai raison de construire quelque chose de nouveau à notre disposition.

En attendant ces résultats, protéger vos fleurs si vous voulez récolter des graines saines pour échange et surtout pour semer chez vous sans risque de déconvenues.
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Message Mer 3 Fév 2016 12:13

Re: Vers une identification génétique des variétés

Le problème vient effectivement des échanges entre amateurs, dont certains ne signalent pas s'ils ont protégé ou non leurs variétés. Même ainsi, il peut y avoir des accidents, des mélanges, des mutations, des hybridations...

Certains ne cultivent même pas les variétés reçues et refilent des graines obtenues par échange contre d'autres graines, multipliant les erreurs.

Et puis, il y a ceux qui créent une variété, soit volontairement, soit involontairement, et qui la refilent sans qu'elle soit fixée, après lui avoir donné un nom personnel !

C'est là le plus gros problème !!! Je le sais particulièrement pour avoir distribué des graines de Favorie de Bretagne à la terre entière, alors que la variété n'était pas fixée, ce qui fait que ça a donné n'importe quoi par la suite.

Et pourtant, il y avait une fiche, des photos, des consignes de Tom lui-même... Ce n'est pas très grave, mais c'est un problème de donner des noms à des variétés non encore fixées.

Maintenant, il faut arrêter de se leurrer : On ne fait pas de la création, de la fixation, ou de l'amélioration variétale en cultivant deux ou trois plants... Au contraire, on appauvrit une variété...
On se fait juste plaisir, ce n'est pas interdit... Mais il ne faut pas faire passer ça pour un travail scientifique !

Tom n'est pas un scientifique, son plaisir, c'est de créer des variétés et de les faire découvrir à d'autres, son enthousiasme naturel et communicatif lui faisant parfois mettre un peu la charrue avant les boeufs.

Je répète que ce n'est pas grave, j'adore Tom et sa fantaisie créative, un peu moins ceux qui en ont fait le gourou qu'il n'a jamais prétendu être !

Mais une variété ne devrait JAMAIS porter de nom définitif ( uniquement un nom de travail éventuellement ) et distribuée sous ce nom tant qu'elle n'est pas fixée, et fixée dans des conditions correctes, avec au MINIMUM 10 plants totalement protégés. Et même comme ça, on n'est à l'abri de rien !!! :mrgreen:
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Message Mer 3 Fév 2016 19:07

Re: Vers une identification génétique des variétés

Craonne a écrit:........ Et même comme ça, on n'est à l'abri de rien !!! :mrgreen:


Parfaitement , et personnellement je pense que jamais rien n'est fixé .
Il faut continuellement sélectionner pour garder le caractère de la variété .
Ce doit être pour les plants comme pour les animaux .... Vous avez une belle race de lapin ou de pigeon , tout roule impecc même dans les concours , et un jour vos nouveaux reproducteurs dont vous connaissez la lignée depuis des années vous sortent des sujets avec "des bugs" :mrgreen:
Ne pas oublier les gênes ..... les dominants , les récessifs qui se la ferment SAUF quand ils sont deux ... et là ils dominent ....
Et s'il n'y avait que çà .... :sm32
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Message Mer 3 Fév 2016 19:14

Re: Vers une identification génétique des variétés

Exactement...

Le problème, justement, c'est qu'il y a des gènes !!! Visiblement, le bleu est super dominant même s'il se planque parfois !!!
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Message Jeu 4 Fév 2016 08:40

Re: Vers une identification génétique des variétés

:diabolo Heureusement qu'il y a des gènes, car :

"quand il n'y a pas de gène, il n'y a pas de plaisir" :mrgreen: ou dans le même style,
"je suis dominant, ça te gêne ?" :siffle-4487:
Les lois de Mendel n'ont pas fini de nous en faire voir de toutes les couleurs (de tomates), et même si vous pensez avoir respecté scrupuleusement le protocole de test, vous n'êtes pas à l'abri d'une mutation spontanée, il y a une multitude de précédents chez les tomates :wink:

Concernant "favorie de Bretagne", je l'ai cultivée il y a quelques années, semis de deux graines collées ensemble dans la même alvéole, deux pieds siamois que je ne suis pas parvenu à séparer et repiqués ensemble dans la serre. Bilan l'un des pieds a développé des tomates format cocktail rouges rondes et l'autre des fruits allongés (forme "Roma") jaunes d'or striés de jaune vif... Je confirme qu'elle n'est pas fixée du tout, ce qui ne me dérange pas, par contre c'est sa commercialisation dans cet état là qui m'interpelle... Il devrait y avoir un affichage préventif sur les sachets avertissant du caractère aléatoire du résultat. Mais ce n'est que mon humble avis.
L'urgent est fait, l'impossible est en cours... Pour les miracles, prévoir un délai :wink:

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Message Jeu 4 Fév 2016 11:38

Re: Vers une identification génétique des variétés

Parce qu'elle est commercialisée, en plus ? Il y en a qui ne manquent pas d'air... :ban
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Message Mar 9 Fév 2016 17:30

Re: Vers une identification génétique des variétés

Tiens, j'en ai quelques graines, de la Favorie de Bretagne, récupérées à Stave.
Je m'en vais vérifier leur conformité cette année tiens !

Pour revenir aux critères visuels pour vérifier la conformité d'une variété, je me permet de soulever une difficulté supplémentaire : ces caractères visuels (forme, couleur, etc ...) varient parfois fortement en fonction du sol, de l'exposition et de la période de culture, ce qui ne rend pas l'observation très facile.

Petite question à Craonne : pourquoi n'ai-je point accès au topic ? : topic11604.html
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