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Vers une identification génétique des variétés


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Message Mar 9 Fév 2016 19:10

Re: Vers une identification génétique des variétés

Quand tu vas mettre les photos tu spécifies toutes ses conditions:sol ,exposition ,date de semis et date indiquée sur la photo , ...
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Message Mar 9 Fév 2016 19:43

Re: Vers une identification génétique des variétés

mogui a écrit:Petite question à Craonne : pourquoi n'ai-je point accès au topic ? :
topic11604.html


A priori, je ne comprends pas comment tu peux même voir ce topic, puisqu'il se trouve dans le forum privé des admins !!! Donc, personne à part les admins n'y a accès !!! Si c'est par un lien dans un post, merci de me le donner par MP, merci.
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Message Mer 10 Fév 2016 02:46

Re: Vers une identification génétique des variétés

Bonjour à toutes et à tous,
Quelques compléments à ces commentaires avisés sur la génétique :

Avant qu'on ne décode entièrement le génome humain en 2003, les généticiens pensaient que pour synthétiser les 100 000 protéines structurales et fonctionnelles d'un corps humain, il fallait 100 000 gènes. Mais lorsque tous les laboratoires ayant participer à l'aventure ont mis en commun leur résultat, la surprise fut totale, le génome humain n'est formé que de 25 000 gènes (moins qu'une tomate). L'aventure ne faisait que commencer, il restait à décrypter le protéome (la synthèse des 100 000 protéines). Décrypter un génome est une chose, appréhender un organisme en son entier s'avère chose moins aisée.

Vous l'avez très bien dit, la mutation est un mécanisme normal et aléatoire. Mais les végétaux y sont particulièrement sensibles, à cela deux raisons :

- Une composante génétique, héritage du temps où les végétaux n'avaient pas encore produit suffisamment de dioxygène (O2) pour former une couche d'ozone (O3) susceptible de stopper les rayons Ultra-Violet du soleil. De nombreux végétaux sont dotés de centaines de gènes, vestige d'un temps ou la sélection naturelle favorisait les organismes dotés de nombreux exemplaires du même gène. Plus un gène existe en de nombreux exemplaires, et plus il y a de chances qu'en subsiste une version non mutée qui pourra être transmise par les cellules reproductrices (Les UV rompent les liaisons thymidiques des bases azotées de l'ADN (pour ceux à qui ça parle)).

- Une composante environnementale, il suffit de voir l'action des pesticides, insecticides et autres fongicides sur les humains pour comprendre que les végétaux eux aussi sont soumis à ces nouvelles molécules mutagènes (sans compter que l'association de ses molécules est plus active que les molécules isolées).

Ces deux composantes contribuent à une facilitation des végétaux à se "laisser muter" assez facilement. Les bactéries qui évoluent depuis plus de trois milliards d'années sont capable de muter volontairement ou de s'échanger des gènes.

Ce sont ensuite les paléontologues qui ont surpris par leur avancée sur la génétique (je passe volontairement sous silence les OGM de peur de créer un débat ou de dire des choses qui ont déjà été écrites ici).

Dans leur quête éperdue de ce rêve consistant à recréer un dinosaure, ils se sont retrouvés confrontés à de graves déconvenues. Certes l'espoir fleurissait dans les bribes d'ADN récupérées dans l'ambre (façon jurassik park) ou dans la moelle d'os particulièrement bien conservés, mais il a fallu se faire une raison, jamais il ne sera possible d'y parvenir de cette manière.

Qu'à cela ne tienne, quelques scientifiques se sont dit "puisque les oiseaux sont les descendants des dinosaures, peut être qu'ils ont encore en eux des gènes éteints de dinosaure".
Sur ce, j'te chope des embryons de poule, un p'tit coup d'agent mutagène sur des parties d'ADN non codantes, un soupçon d'enzymes et j'obtiens... une poule avec des dents (la première en 2006).

Où est ce que je veux en venir? Mais c'est bien simple, bientôt on pourra mettre une photo à la place d'un dessin en guise de logo du site :siffle-4487:

Je veux en venir au fait que les tomates elles aussi ont des gènes éteints depuis les siècles que l'Homme la cultive, de la même manière que nous avons perdu nos poils à force de nous vêtir avec les poils d'autres animaux. Il y a fort à parier que nos tomates actuelles auraient toute les peines du monde à pousser dans les conditions auxquelles étaient soumises les premières tomates sauvages.

Ce que je veux dire en définitive, c'est que s'il est difficile de déterminer quelle doit être la norme, la référence en terme de génétique, il ne suffit pas de se demander par rapport à quoi cette norme doit être établie, mais aussi par rapport à quand.

Vous connaissez sans doute les travaux de Pascal POOT, j'ignore si ce Monsieur a des connaissances en génétique ou s'il a avancé à l'instinct, mais à force de sélection, il semblerait que ses plantes poussent sans eau (ou très peu), ce n'est pas pour rien que la NASA s’intéresse à ses travaux, seule une culture végétale (avec le moins d'eau possible) permettra les longs voyages spatiaux. C'est d'ailleurs dans l'apesanteur de l'espace qu'a été mis en évidence le gravitropisme racinaire.

Pour en terminer, décrypter le génome tomatien est une entreprise louable, mais les séquences intergènes (parfois plus longues que les gènes eux-mêmes) semblent avoir plusieurs actions (entre autres rôle d'activateurs, de modérateurs, d'inhibiteurs lors de la traduction par les ribosomes). De même qu'au sein des gènes eux-mêmes existent des parties non codantes (appelées introns) dont on ignore le rôle (mais dont on est persuadé qu'elles en ont un).

Bref, idéalement, je crois que l'expérience des anciens et son propre empirisme sont les données les mieux à mêmes de nous satisfaire.

Allez, je me calme, j'ai le clavier qui fume, à bientôt.
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Message Dim 14 Fév 2016 21:52

Re: Vers une identification génétique des variétés

Hé bien, je constate que tu es calé sur les questions génétiques !

Alors en effet, le patrimoine génétique de la tomate ne se limite sans doute pas aux seuls gènes, et les séquences inter-gènes viennent en effet complexifier les choses en modifiant l'expression des gènes.
Il faut garder à l'esprit d'ailleurs que les feuilles, les racines, les fruits, etc.. sont composés des mêmes gènes, qui sont donc capables de créer des cellules très différentes.

Cependant je persiste à penser que la cartographie génétique, sans être aussi définitive que je le supposais, pourrait néanmoins être suffisante pour identifier une variété de légume sans trop de risque de confusion.

Puisque tu parles de Pascal POOT, il me semble que sa spécificité c'est justement qu'il n'effectue pas de vraie sélection.
Il semblerait, à ce que j'ai compris, qu'une plante soumise à un stress particulier, va modifier son mécanisme de "reproduction", de façon à transmettre en priorité les gènes qui permettront à sa descendance de mieux résister à ce stress.
Au lieu d'une transmission au petit bonheur la chance, une transmission des gènes "intelligente", ou du moins orientée.
A condition bien sur que la variété de tomate ait conservé un minimum de variété dans ses gènes, et donc qu'elle ne soit pas totalement stable.
Ou alors est ce ce qu'on appelle l'épigénétique, avec des gènes qui s'exprimeront différemment en fonction du contexte (sécheresse, fraîcheur, salinité, pauvreté ou richesse des sols ....) ?
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Message Lun 15 Fév 2016 01:28

Re: Vers une identification génétique des variétés

Bonjour,
Tu m'as l'air calé aussi en génétique. On s'est mal compris sur le sens de "sélection" concernant M. POOT, la sélection qu'il effectue consiste à soumettre les plantes à un stress (hydrique ici) et de ne garder que les survivantes (ce qui, en soit, est déjà une sacré sélection, ou les plus développées dans cet environnement). D'ailleurs, le simple fait que certaines survivent et d'autres pas montre que le patrimoine génétique de départ n'est déjà pas identique. Celles qui ont le bagage génétique le plus adapté survivent et transmettent ces caractères à leur descendance.
Pour le coup ce n'est pas de l'épigénétique (même si ça s'en rapproche beaucoup), dans le sens où c'est le manque d'eau qui active des gènes ; mais c'est plus le manque d'eau qui sélectionne les plants qui développent des gènes permettant une meilleure économie d'eau. Si le sujet t’intéresse je te renvoie à la définition de gène "atavique".
Pour appréhender sereinement les questions de génétique, d'évolution et de sélection, il faut d'abord comprendre ceci : (ne le prends pas mal si tu le sais déjà)

Les êtres vivants ne changent pas en fonction de leur environnement, ils évoluent avec des taux de mutations assez faibles, mais sur des millions, des centaines de millions d'années, ces mutations changent totalement les organismes.
Le jour ou un poisson s'est retrouvé avec des pattes à la place des nageoires, c'était un inconvénient pour lui, il était moins adapté pour fuir ses prédateurs ou chasser sa nourriture, mais si les conditions climatiques changent et que l'atmosphère se réchauffe, les étangs se retrouvent à sec, les poissons y meurent, mais notre petit poisson à pattes voit son désavantage se transformer en avantage, avec ses p'tites pattes musclées, il rampe sur terre et atteint un petit cours d'eau, qui lui permettra de survivre et de transmettre sa mutation à sa descendance.
Ce ne sont pas les organismes qui s'adaptent à leur environnement, ce sont les organismes les mieux adaptés (de par leur mutation et donc leur patrimoine génétique différent) au moment où surviennent les changements de l'environnement qui survivent et peuvent donc transmettre leur gène. Et là aussi, comme en génétique, c'est le hasard qui guide ces mécanismes.
Quand tu as compris cela, l'évolution semble un concept moins flou.
Bref, bla bla... sujet inépuisable, mais ô combien passionnant et intéressant quand on essaie de se "mettre à la place des plantes" pour essayer de mieux les comprendre.
Juste, si, une dernière chose, je disais que le taux de mutation est faible, en fait les mutations sont extrêmement nombreuses lors des mitoses (divisions cellulaires), et ce, malgré des contrôles minutieux. Mais la plupart du temps ces mutations sont sans effet (elles ont lieu dans des partie de l'ADN non codantes, ou ne changent pas l'acide aminé finalement codés à l'emplacement de la mutation).
Pour qu'une mutation soit transmise, il faut que cette mutation se produise sur une partie codante, qu'elle change la protéine traduite, et surtout que cette mutation se produise lors de la formation d'une cellule reproductrice. Le pourcentage de transmission est très faible (mais il faut toujours intégrer la notion de temps en géologie).
A bientôt.
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Message Lun 15 Fév 2016 10:29

Re: Vers une identification génétique des variétés

Oui, la génétique est un sujet passionnant (en ce qui me concerne en tous cas), et qui nous a conduit à dériver un peu du sujet initial du post.

Je comprend bien que la base de la génétique et de l'hérédité, c'est le mécanisme "darwinien" de la sélection.
Même aveugle, cette sélection est efficace car elle s'effectue sur un nombre considérable d'individus.

Mais je pense qu'il y a d'autres mécanismes qui entrent en ligne de compte, outre les mutations.
Le processus de sélection peut aboutir à une impasse et à force d'adapter l'individu au contexte on en arrive à une spécialisation poussée.
A ce moment l'individu est parfaitement adapté à son contexte, et de ce fait sera très vulnérable au moindre changement de son environnement, avec risque de disparition rapide et irréversible.
C'est pourquoi il y a plein d'autres mécanismes en oeuvre, eux mêmes apparus grâce à une sélection qui ne serait pas à courte vue.
Par exemple, la néoténie est intéressante. Certains individus conservent les caractères juvéniles à l'age adulte, mais parviennent à se reproduire malgré cette immaturité. Le nouvel individu n'étant pas spécialisé est vulnérable par rapport à son environnement, par contre sa plasticité est maximum et il sera peut-être le seul à savoir s'adapter en cas de brusque changement ce cet environnement car il est resté au stade de tous les possibles.
Chez les plantes, si on les prive d'eau on peut voir apparaître ce phénomène de néoténie, avec une reproduction possible pour des plants qui n'auront pu terminer leur développement.
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Message Lun 15 Fév 2016 11:12

Re: Vers une identification génétique des variétés

mogui a écrit:et qui nous a conduit à dériver un peu du sujet initial du post.


Pas vraiment, on est toujours bien dans le sujet !!!

Je crois me rappeler que le " melon de Luneville " a pu être " recréé " grâce à son patrimoine génétique. Enfin, il me semble que c'était un truc dans ce genre-là, en tout cas ! :roll:
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Message Mar 16 Fév 2016 01:12

Re: Vers une identification génétique des variétés

Bonjour,
Tu as raison, nous nous sommes quelque peu éloigné de notre sujet initial : la tomate.
C'est de ma faute, je l'avoue bien bas, j'ai du mal à être concis à l'écrit (au cas où vous n'auriez pas remarqué :siffle-4487: ) et en plus j'ai tendance à m'éparpiller. Mais craonne (bonjour!) a entièrement raison lorsqu'elle dit qu'on reste dans le sujet, du moment qu'on parle de gène, on reste dans le sujet.
La néoténie (et la pédomorphose dans son ensemble), l'épigénétique, et d'autres phénomènes rabaissent un génome à l'état d'une carte dénuée d'indication de villes et de distances.
En ce qui concerne la néoténie, prudence, on met le pied dans des théories (toutes empreintes d'un fort relent d'anthropisme puisqu'elles sont apparues à une époque où on voulait absolument montrer que l'Homme "descendait" du singe), L'Homme serait ainsi néoténique par rapport aux grands singes en ce qui concerne le crâne, mais serait hypermorphique (l'inverse de la néoténie) vis à vis du bassin des grands singes. Ce sont des mutations qui affectent les gènes Hox (que j'ai déjà évoqués et qui sont responsable d'une cascade d'activation de dizaines voire de centaines de gènes responsables de la formation d'une partie du corps), on en revient toujours au même, ce sont les mutations qui dictent tout.
Hop là, ça y est je dévie, je conclue donc sur ces deux remarques :

Réaliser une "carte génétique" de toutes les variétés de tomates reviendrait à réaliser une seule carte génétique, nos échanges précédents montrent que ce n'est pas parcequ'un gène existe qu'il s'exprime, et même s'il s'exprime, à quelle cadence le fait-il? Est-il soumis à l'influence d'autres gènes, d'autres protéines, à une condition environnementale, ...? La différence entre une personne noire de peau et une personne blanche de peau se joue à un gène qui s'exprime davantage chez les personnes noires que chez les blanches (déclenchant la production de mélanine responsable de la pigmentation de la peau (gène qui est lui même sensible à une condition environnementale : l'ensoleillement (c'est cette production de mélanine qui forme le bronzage))) (oui, je sais...encore une parenthèse juste pour insister sur le fait qu'il n'y a pas une once de racisme dans mes propos, c'est un simple fait scientifique (qu'il aurait été pratique de connaître lorsque les soldats blancs de la guerre 14-18 préféraient se laisser mourir plutôt que de se faire transfuser le sang "d'un noir"))

Deuxième et dernier point, félicitations pour ton travail de recensement Mogui, j'espère que vous arrivez à vous arranger au niveau du site pour que ton travail soit partagé (si tel est ton souhait bien évidemment)
A bientôt.
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Message Mar 16 Fév 2016 12:52

Re: Vers une identification génétique des variétés

Oui j'ai créé quelques fiches mais je n'ai pas eu de retour des admins pour le moment...

Il y a pas mal de variétés que j'ai cultivées l'année dernière et qui n'ont pas été conformes. La plupart des "Tom Wagner", mes coeur de boeuf (petites, roses, et très précoces), mes Reines de hâtives (entre 150gr et 400gr sur certains pieds), etc.. Impossible de faire une fiche avec des commentaires personnels si le résultat est trop atypique.

D'autre part je n'ai pas toujours pensé à prendre des photos.

Je ferai mieux l'année prochaine !

Tiens en passant j'ai vérifié ton profil. Je me disais qu'un gars qui poste à 1h du mat devais être probablement Canadien, ou habitant un pays lointain, ce qui expliquerait le décalage horaire.
Mais non, juste un Breton qui ne dort pas la nuit :lol:
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Message Mar 16 Fév 2016 18:36

Re: Vers une identification génétique des variétés

  Code:
n'ont pas été conformes ...La plupart des "Tom Wagner"

Hélas, c'est tristement vrai, comme il diffuse des variétés qui ne sont pas fixées c'est très vite n'importe quoi. Qui cultive encore Favorie de Bretagne ?
Dernière édition par Nanarf le Mer 17 Fév 2016 20:26, édité 1 fois.
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Marie de Rabutin-Chantal, marquise de Sévigné
http://www.leconcombre.com/index.html
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Message Mer 17 Fév 2016 17:38

Re: Vers une identification génétique des variétés

Bonjour,
Ce beau pays qu'est la Bretagne, situé entre la France et l'Atlantique, ne répond pas aux fuseaux horaires ordinaires. Suis-je crédible ou dois-je avouer que j'ai rarement du temps en journée et que je dors peu? (ha, bah, je crois que c’est chose faite).
Décidément ce M. WAGNER fait couler beaucoup d'encre. Pour qu'une variété soit fixée, il faut qu'elle soit homozygote pour les gènes qui caractérisent sa variété, je me doute que c'est un travail fastidieux et de longue haleine, mais on peut légitimement s'interroger sur l’intérêt de commercialiser ces variétés dont on n'a pas pu tester sur plusieurs générations que les allèles étaient bel et bien identiques.
Je me permet de lancer un pavé dans la mare (pas trop fort pour ne pas déranger les batraciens), mais les tomates obtenues par croisement ne constituent-elles pas un OGM? Par définition, la réponse est oui, on tente d'infléchir une partie du génome vers des caractères fixés au lieu d'insérer directement de nouveaux gènes. Mais le résultat est le même, une nouvelle variété est créée.

Je ne connais pas la favorite de Bretagne, mais le nom me plaît bien.
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Message Mer 17 Fév 2016 17:49

Re: Vers une identification génétique des variétés

Juste... j'allais oublier... suis je confronté à une anomalie génétique destinée à étayer les échanges précédents? Sur 3 graines d'Ida gold qui ont germées, 2 d'entre elles présentent 3 cotylédons. Est-ce une anomalie classique? Les plants vont-ils se développer "normalement"? Est-ce qu'ils vont se transformer en plantes carnivores? Si quelqu'un a déjà été confronté à ce phénomène, ça m’intéresse d'avoir une explication (ou à défaut une réflexion).
Merci d'avance.
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Message Mer 17 Fév 2016 18:51

Re: Vers une identification génétique des variétés

Trois cotylédons cela peut arriver mais souvent ces plants "meurent" après quelques jours.

Tom Wagner a été le premier a jouer avec des gènes bleus.

Il s'est aperçu assez tôt qu'il obtenait des variétés instables et il a toujours dit que c'étaient les héritiers de ses graines qui devient stabiliser ces variétés instables.

Il y aura de plus en plus des variétés instables à cause des gènes bleus qui perturbent les nouveaux croisements.

Les variétés bleues ont souvent des fleurs dont le pistil sort des étamines et attirent ainsi les bourdons qui transportent les gènes bleus vers les variétés bleues et aussi les non bleues et ainsi créent ainsi de plus en plus de variétés que l'on dit instables.

Il n'y a qu'un moyen pour pallier à cela:protéger les fleurs qui donneront des tomates qui contiendront ainsi les gènes qui donneront après quelques générations une variété stable.

Le péril bleu est à l'entrée de nos potagers, c'est aux jardiniers amateurs surtout à prendre leurs précautions.

Soit ils ne tolèrent plus des variétés bleues chez eux ou ils protègent les bouquets des variétés dont ils veulent continuer à échanger des graines saines entre eux.

Il n'y a pas besoin d'identification génétique pour prouver cela, il suffit de réagir.
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Message Mer 17 Fév 2016 22:15

Re: Vers une identification génétique des variétés

Je vais essayer de répondre à 3 questions de tinkiet (même si je n'ai pas vraiment les réponses mis l'importnt c'est de participer !)

Concernant les OGM, on pourrait à la limite parler d'OGM pour des variétés nouvelles obtenues par des hybrideurs, voire par des amateurs éclairés, mais pour la plupart des gens je crois qu'OGM est synonyme d'organisme transgénique.
Dans le cas de cette dernière définition, on pourrait dire que les premières tomates bleues étaient des tomates OGM.

La favorite de Bretagne s'orthographie en fait Favorie de Bretagne et je ne pense pas qu'elle soit spécialement bretonne (désolé).
Je suis l'heureux possesseur de quelques graines et je vais la tenter cette année.
Il y a peu de chances que la conformité soit au rendez-vous ...

J'ai parfois des petits plants à 3 cotylédons et je n'ai pas remarqué que leur mortalité soit supérieure aux autres.
J'ai même eu 1 plant à 4 cotylédons l'année dernière mais bien qu'il ait survécu, il est resté totalement stérile !
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Message Jeu 18 Fév 2016 01:02

Re: Vers une identification génétique des variétés

Bonjour Ambiorix,
je me suis renseigné sur les gènes bleus (atv et Aft) et inévitablement je suis tombé sur tes travaux. Hallucinant le travail et la rigueur dont tu fais montre, respect. J'ai pas encore compris pourquoi ces gènes sont plus périlleux que d'autres qui peuvent eux-aussi être vectorisés par les pollinisateurs, mais je prendrais le temps de comprendre plus tard.
Je débute dans la culture des tomates, mais j'apprends vite, et je sais que j'arriverai rapidement à tester moi-même des croisements. Raison de plus pour prendre le temps de suivre l'historique de tes essais (je suis déjà tombé sur tes échiquiers de Punnett).
Avoir des connaissances en génétique permet d'augmenter la part d'intuitif dans les protocoles et d'être mieux à même d'interpréter les résultats obtenus. Et cela doit être passionnant de suivre l'évolution de ses propres F1, F2, ...

C'est vrai que la limite est parfois ténue entre organisme nouveau créé par croisement et sélection et la création d'un organisme nouveau par transgénique.
J'ai ainsi découvert qu'il existait une tomate bleue transgénique (on a inséré dans son génome des gènes de gueule de loup), et des tomates bleues issues de croisement avec des solanacées naturellement bleues.

Merci pour tes réponses Mogui. Je vais suivre le devenir de mes tricotylédons, mais il semblerait clairement qu'il s'agisse d'une mutation (de la même manière qu'il est relativement fréquent de trouver des trèfles à 4 feuilles ou des étoiles de mer à 6 branches).
A bientôt.
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